白细胞介素IL-8及受体CXCR1的分子动力学模拟

论文目录   摘要 第1-7页 ABSTRACT 第7-11页 第一章 绪论 第11-19页   1.1 研究对象 第11-14页     1.1.1 趋化因子与白细胞介…

论文目录  
摘要 第1-7页
ABSTRACT 第7-11页
第一章 绪论 第11-19页
  1.1 研究对象 第11-14页
    1.1.1 趋化因子与白细胞介素 8 第11-12页
    1.1.2 G蛋白偶联受体与CXCR1 第12-14页
  1.2 研究意义 第14页
  1.3 国内外研究进展 第14-17页
  1.4 科学问题及论文结构 第17-19页
    1.4.1 科学问题的提出 第17-18页
    1.4.2 研究的主要内容 第18页
    1.4.3 论文撰写安排 第18-19页
第二章 材料与方法 第19-28页
  2.1 分子动力学模拟 第19-26页
    2.1.1 分子动力学模拟软件 第19页
    2.1.2 分子动力学模拟硬件 第19-20页
    2.1.3 分子动力学模拟原理 第20-22页
    2.1.4 跨膜蛋白的分子动力学模拟 第22-24页
    2.1.5 分子动力学模拟配置文件 第24-25页
    2.1.6 TCL脚本语言 第25-26页
  2.2 数据分析 第26-28页
    2.2.1 RMSD与RMSF 第26页
    2.2.2 氢键、盐桥及静电相互作用 第26-27页
    2.2.3 溶剂可达表面积 第27页
    2.2.4 残基相互作用指数 第27页
    2.2.5 分子表面标测 第27-28页
第三章 CXCR1 与IL-8 对接复合物的计算机模拟 第28-41页
  3.1 引言 第28页
  3.2 方法与材料 第28-30页
    3.2.1 分子对接构建CXCR1 与IL-8 复合物结构 第28-29页
    3.2.2 模拟系统构建 第29-30页
    3.2.3 能量最小化与平衡 第30页
  3.3 结果与讨论 第30-39页
    3.3.1 对接构象的筛选 第30-32页
    3.3.2 Model I结合面相互作用 第32-38页
    3.3.3 结合面残基RII指数分析 第38-39页
  3.4 本章小结 第39-41页
第四章 CXCR1 与IL-8 的动态结合 第41-55页
  4.1 引言 第41页
  4.2 方法与材料 第41-43页
    4.2.1 同源模建CXCR1N末端 9-29 号残基片段 第41-42页
    4.2.2 建立不同结合状态的CXCR1/IL-8 系统 第42-43页
    4.2.3 建立模拟系统 第43页
    4.2.4 能量最小化与平衡 第43页
  4.3 结果与讨论 第43-52页
    4.3.1 分子动力学模拟反映3个模型的构象差异 第43-47页
    4.3.2 Step1 的受体-配体相互作用 第47-49页
    4.3.3 Step1 向Step2 演化 第49-51页
    4.3.4 分子动力学模拟反映G蛋白结合位点的暴露 第51-52页
  4.4 本章小结 第52-55页
第五章 总结与展望 第55-58页
参考文献 第58-64页
附录 第64-67页
攻读硕士学位期间取得的研究成果 第67-68页
致谢 第68-69页
附件 第69页

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